Cái tên Zamboanga xuất phát từ tiếng Mã Lai "Jambangan", có nghĩa là chậu hoa hoặc chỗ của hoa. Các cư dân bản địa sinh sống ở bán đảo Zamboanga là người Subanen, họ sống dọc theo các con sông. Những người nhập cư sau đó là những người Hôi giáo từ các tỉnh lân cận. Người Maguindanaoan và người Kalibugan là nông dân còn người Tausug, Samal và Badjao là ngư dân; người Maranao làm nghề buôn bán và thợ thủ công. Thảm dệt do những người định cư Hồi giáo chiếm lĩnh.

Trong lịch sử Zamboanga là một phần của tỉnh Moro, gồm có năm quận: Cotabato, Davao, Sulu, Lanao và Zamboanga. Năm 1940 các quận này trở thành các tỉnh riêng biệt. thành phố Zamboanga trở thành tỉnh lị của tỉnh Zamboanga.

Lịch sử ban đầu của Zamboanga del Norte liên quan đến thành phố Zamboanga, trung tâm của toàn bộ Mindanao, nhất là thời kỳ phụ thuộc vào Hoa Kỳ. Khi thành phố Zamboanga trở thành một thành phố đủ tư cách ngày 12/10/1936, nó bao gồm đầu phía nam của bán đảo Zamboanga và đảo Basilan, và trở thành thành phố lớn nhất trên thế giới về diện tích. Tất cả thay đổi vào năm 1994 khi Basilan trở thành một thành phố riêng biệt và bị tách thêm thành hai tỉnh riêng biệt năm 1952, trong đó có Zamboanga del Norte